Аполлон Скальковский родился в Житомире, 13 января 1808. И происходил он из черниговских казаков.
Образование получил в Виленском и Московском университетах.
С 1828 года, более 50 лет возглавлял Статистический комитет в Одессе. С 1856 года член-корреспондент Академии Наук по историко-филологическому отделению.
А. А. Скальковский стал первым историком, систематически изучившим историю Новороссийского края (Южной Украины и Бессарабии), за что получил от современников прозвище «Геродот Новороссийского края». Многочисленные исторические работы Скальковского сохраняют значение источников по истории Новороссии и Запорожской Сечи, так как в них использованы многие ценные документы, не сохранившиеся до наших дней.
Главные сочинения – «Хронологическое обозрение истории Новороссийского края, 1730—1823», «Опыт статистического описания Новороссийского края», «История Новой Сечи или последнего коша Запорожского», «Первое тридцатилетие Одессы», «Болгарские колонии в Бессарабии и Новороссийском крае», «Историко-статистический опыт о торговых и промышленных силах г. Одессы».
Он являлся одним из основателей Одесского общества истории и древностей.
Аполлон Александрович Скальковский скончался в Одессе 9 января 1899 года. 26 апреля 2016 года одесский переулок Второй Стахановский стал переулком Аполлона Скальковского.